Ingénieure de recherche à la plateforme bio-informatique de Synergie Lyon Cancer, Anne-Sophie Sertier s’est spécialisée dans la détection d’anomalies génomiques associées aux cancers.

Dans le cadre des projets de la plateforme bio-informatique, Anne-Sophie Sertier travaille sur l’analyse des données de séquençage de génomes qui lui sont confiées. Elle analyse notamment les variants génétiques d'un génome particulier à partir de données de puces à ADN de génotypage (cette technologie permettant de visualier et de mesurer des différences d'expression entre des gènes fixés sur des lames de verres).

Cependant, elle s’est plutôt spécialisée dans la recherche de variants structuraux, soit des différences observables à l'échelle du génome d’un individu : insertions, déletions, duplications, inversion de matériel génétique, translocations chromosomiques… : « Nous comparons le génome d’une cellule issue de la tumeur d’une personne atteinte d’un cancer avec celui d’une cellule saine, afin de déterminer les événements somatiques », explique Anne-Sophie Sertier. « En rapprochant des événements de réarrangements structuraux trouvés dans différents échantillons d'un type tumoral, par exemple plusieurs patients atteints de cancer du sein de type HER2+, nous pouvons trouver des mutations spécifiques à un cancer particulier ».

La jeune bioinformaticienne a été chargée de tester plusieurs méthodes bio-informatiques existantes destinées à procéder aux analyses dont la plateforme a besoin pour ses projets. « J’essaie de combiner les résultats de plusieurs logiciels mis à disposition de la communauté scientifique en y ajoutant certains critères qui nous sont importants », dit Anne-Sophie Sertier. « Je suis en train de  mettre en place une méthodologie propre aux besoins de notre équipe pour extraire des informations sur les réarrangements  génétiques et reconstruire les génomes tumoraux ».

La plateforme bio-informatique : autour d’une discipline en perpétuelle évolution, une équipe et une structure ouverte sur le futur

« Matheuse » de cœur, Anne-Sophie Sertier a rapidement été attirée vers la modélisation appliquée à la biologie enseignée à l’université Claude Bernard de Lyon et s’est lancée dans la filière bio-informatique dès son ouverture. Après son mastère « Mathématiques et Informatiques pour le Vivant », spécialisé en bio-informatique moléculaire, elle a obtenu un doctorat en bioinformatique et génomique avec une thèse sur une méthode de reconstitution de l’évolution des protéines. « Je ne voulais pas faire de la recherche pure mais de l’ingénierie de recherche. La plateforme de bio-informatique de Synergie Lyon Cancer représentait donc une excellente opportunité pour moi », raconte Anne-Sophie Sertier. « Dans ce domaine des technologies de la bioinformatique en constante évolution, tout reste à réfléchir et à réaliser. La plateforme est une structure jeune et dynamique qui s’ouvre vers l’avenir avec de vrais moyens pour travailler ».