Bioinformaticien expert en data management à la plateforme bio-informatique de la fondation Synergie Lyon Cancer depuis 2013, Jean-Philippe Villemin apporte son expertise en ingénierie logicielle aux projets réalisés en collaboration avec le LYric (Lyon Recherche Intégrée en Cancérologie).

Investi sur des projets de médecine personnalisée en oncologie, Jean-Philippe Villemin prend notamment part à l'essai clinique Profiler du LYric. Pour aider les biologistes à réaliser la « carte d’identité tumorale » de 2000 patients, il installe une structure physique (équipements de stockage, de sauvegarde et serveur de calcul) et développe une architecture technique (base de données, serveur et interfaces web).

Le jeune ingénieur contribue également à la mise en œuvre d'autres projets à grand échelle comme IMODI (Innovative Models Initiative), partenariat réussi entre le public et le privé qui a permis la création d'une collection de 54 modèles de cancers colorectaux humains et une biobanque de 5000 échantillons biologiques. Travaillant sur un jeu de données diversifié aux sources multiples, Jean-Philippe Villemin a pour mission de structurer l'information : « J'organise du mieux possible le suivi des patients, des échantillons biologiques et des analyses réalisées sur des technologies ultra-modernes pour stocker, analyser et diffuser un résultat scientifique interprétable à un panel varié de chercheurs et de cliniciens ».

Jean-Philippe Villemin est titulaire d’une licence en Biologie et d'un Master en bioinformatique : « J’ai pu allier ma passion des nouvelles technologies de l'information à celle de la biologie, me permettant de travailler avec des outils modernes sur des projets qui semblaient à la limite de la science-fiction il y a 20 ans ». En 2009, il a complété sa formation avec un Master en statistiques appliqués aux sciences de la santé.

Les bioinformaticiens de la plateforme : de l’expérience et des compétences de haut niveau

De 2010 à 2013, Jean-Philippe Villemin a travaillé au laboratoire « Epissage Alternatif et Progression Tumorale » du Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL). Premier bioinformaticien à arriver dans cette équipe, il y a développé des outils d'analyse pour améliorer la compréhension des mécanismes de modelage des ARN messagers : « J'ai contribué à monter le projet dès le début, ce qui m'a valu de pouvoir publier dans un journal scientifique de haut niveau. J’ai pu travailler avec les bioinformaticiens de la plateforme et j'ai été impressionné par leurs réalisations. Leur niveau exceptionnel sur la région lyonnaise leur permet de prendre part à d'importantes collaborations internationales », reconnaît Jean-Philippe Villemin. « C’était une chance de bénéficier de leur expérience et des compétences diverses de chacun, je réalise ici une expérience humaine, technologique et scientifique hors du commun ».